Vào ngày 1 tháng 7 năm 1999, sau khi Jagan trở về từ hội nghị thượng đỉnh châu Âu – Mỹ Latinh ở Rio de Janeiro, bà đã được nhập viện tại Bệnh viện Mercy St. Joseph ở thủ đô Georgetown do đau ngực và kiệt sức. Bà được điều trị bệnh tim và được xuất viện từ ngày 3 tháng 7.[14] Vào cuối tháng, bà đã trải qua các xét nghiệm liên quan đến bệnh tim của mình tại bệnh viện thành phố Akron ở Akron, Ohio; bà đã được xuất viện vào ngày 23 tháng 7.[15] Trở về Guyana, bà nhận được thuốc tim và được cho biết rằng phẫu thuật bắc cầu là không cần thiết.[16]

Jagan tuyên bố vào ngày 8 tháng 8 năm 1999, rằng bà đã từ chức Tổng thống vì sức khỏe của bà có nghĩa là bà không còn có khả năng "lãnh đạo mạnh mẽ"; bà nói rằng Bộ trưởng Tài chính Bharrat Jagdeo sẽ là người kế nhiệm bà.[17] Jagdeo đã tuyên thệ nhậm chức Tổng thống vào ngày 11 tháng 8.[18]

Mặc dù từ chức, Jagan vẫn hoạt động trong PPP. Tại Đại hội lần thứ 29 của PPP, Jagan đã nhận được số phiếu bầu cao thứ hai (671) trong cuộc bầu cử vào Ủy ban Trung ương của đảng,được tổ chức vào ngày 2 tháng 8 năm 2008. Sau đó bà được bầu vào Ủy ban điều hành PPP[19] ngoài việc được bầu làm biên tập viên của tờ báo PPP Thunder, vào ngày 12 tháng 8 năm 2008.

Jagan sau đó rời Guyana sang Maracaibo, Venezuela để điều trị. Sau đó, bà đến Belem, Brazil để điều trị thêm. Janet Jagan qua đời vì chứng phình động mạch bụng vào ngày 28 tháng 3 năm 2009 tại Belem.[20][21] Thi thể của bà được hỏa táng vào ngày 31 tháng 3 năm 2009 tại Brazil.[22]